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Washu Epigenome Browser是一款基因组浏览器,相比UCSC等基因组浏览器,其不仅能够展示RNA_seq, chip_seq等二维信息,还可以展示Hi-C等三维基因组学数据分析结果,网址如下
http://epigenomegateway.wustl.edu/browser/
该浏览器的功能特别强大,本文只是介绍下如何通过这个浏览器来展示Hi-C数据,步骤如下
1. 选择参考物种和版本
内置了人,小鼠,大鼠等常用物种,在展示信息之前,首先需要选择对应的参考物种和基因组版本,如下图所示
2. 添加展示的信息
选择好参考物种之后,下一步就是添加需要展示的信息,每个信息称之为track。 通过导航栏的Tracks进行添加,既可以从公共数据库选择,也支持自己上传数据。这里我们从ENCODE数据库选择数据进行展示,通过Public Data Hubs选择公共数据集, 如下图所示,点击右边的加号选择感兴趣的数据集
在下方提供了数据集的视图,通过加号展开对应的数据集,然后点击右侧的Assay区域可以进一步选择数据集
这里我们选择IM90细胞系相关数据,示意如下
可以多选,这里我选择了hic和多种组蛋白修饰和CTCF的chip_seq以及RNA_seq的数据即兴展示。
3. 调整显示方式
默认情况下track的顺序是按照导入的依次顺序进行排列,通过下图红色方框标记的工具集可以调整tracks的排列顺序
其次鼠标右键点击对应的track, 可以对其颜色,y轴范围等进行详细调整,如下图所示
简单调整了每种track的颜色,效果图如下所示
以上只是WashU Epigenome Browser基因组浏览器的基本用法之一,更多用法请参考官方的文档,链接如下
https://epigenomegateway.readthedocs.io/en/latest/
·end·
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今天的文章c语言可视化编程工具_c++动态数组[通俗易懂]分享到此就结束了,感谢您的阅读。
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