R计算两列数据的相关系数_R可视化基础(7)——相关&相关关系可视化

R计算两列数据的相关系数_R可视化基础(7)——相关&相关关系可视化相关性分析是我们探索和分析数据时经常使用的方法,本文以R语言的角度介绍一下常用的相关分析及其可视化的实现方法

相关性分析是我们探索和分析数据时经常使用的方法,本文以R语言的角度介绍一下常用的相关分析及其可视化的实现方法。
本文数据准备

本文使用CGGA数据库中 mRNAseq_325 数据(325个样本-24326个基因的表达矩阵),随机选取20个基因,分析它们之间的相关性。

library(data.table)expr "CGGA.mRNAseq_325.RSEM-genes.20200506.txt",data.table = F)expr 1,expr1 1:nrow(expr),rownames(expr1) 1]expr1 -1]) %>% save(expr1,file = "corr-d.Rdata")

corr-d.Rdata 即本文使用的数据,可在附件中获取后直接进入以下练习。

rm(list = ls())load("corr-d.Rdata")mydata 

看一下数据什么样子:列为20个基因,行为325个样本。

ff8b6bc56e1f2e27cee517f80cf4cb54.png

相关系数及其显著性检验

R可以计算多种相关系数,在此只介绍我们常用的Pearson相关和Spearman相关。函数 

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