分子动力学模拟中氢键和盐键是计算比较多的作用力，在gromacs中氢键的计算非常容易，然而盐键的计算却是没有那么容易的。分子内的盐键定义为酸性氨基酸（天冬氨酸和谷氨酸）侧链羧基电离出来的带负电氧原子与碱性氨基酸（赖氨酸和精氨酸）侧链接受质子带正电的氮原子之间小于等于4埃距离。众所周知，氨基酸属于两性化合物，既带正电荷也带负电荷，这是因为所有的氨基酸至少有一个羧基和一个氨基，羧基容易失去氢成为氧负离子，氨基容易得到氢成为带正电荷铵盐，当带负电荷的氧和带正电荷的氨在一定接触距离时，则会产生电荷吸引作用，俗称盐键，跟氯化钠成键有点类似。
pdb文件原子坐标及标记：
ATOM 861 N LYS A 56 3.460 11.667 -7.865 1.00 0.00 N
ATOM 862 H LYS A 56 4.282 12.198 -7.615 1.00 0.00 H
ATOM 863 CA LYS A 56 3.636 10.245 -8.276 1.00 0.00 C
ATOM 864 HA LYS A 56 2.991 10.014 -9.123 1.00 0.00 H
ATOM 865 CB LYS A 56 5.094 10.007 -8.691 1.00 0.00 C
ATOM 866 HB2 LYS A 56 5.274 10.478 -9.657 1.00 0.00 H
ATOM 867 HB3 LYS A 56 5.756 10.446 -7.945 1.00 0.00 H
ATOM 868 CG LYS A 56 5.370 8.504 -8.797 1.00 0.00 C
ATOM 869 HG2 LYS A 56 5.580 8.103 -7.806 1.00 0.00 H
ATOM 870 HG3 LYS A 56 4.496 8.003 -9.213 1.00 0.00 H
ATOM 871 CD LYS A 56 6.576 8.268 -9.709 1.00 0.00 C
ATOM 872 HD2 LYS A 56 6.319 8.548 -10.731 1.00 0.00 H
ATOM 873 HD3 LYS A 56 7.414 8.875 -9.367 1.00 0.00 H
ATOM 874 CE LYS A 56 6.968 6.789 -9.669 1.00 0.00 C
ATOM 875 HE2 LYS A 56 7.065 6.467 -8.632 1.00 0.00 H
ATOM 876 HE3 LYS A 56 6.198 6.196 -10.162 1.00 0.00 H
ATOM 877 NZ LYS A 56 8.269 6.597 -10.372 1.00 0.00 N
ATOM 878 HZ1 LYS A 56 8.983 7.146 -9.915 1.00 0.00 H
ATOM 879 HZ2 LYS A 56 8.526 5.621 -10.344 1.00 0.00 H
ATOM 880 HZ3 LYS A 56 8.179 6.895 -11.333 1.00 0.00 H
ATOM 881 C LYS A 56 3.275 9.361 -7.077 1.00 0.00 C
ATOM 882 O LYS A 56 2.583 8.376 -7.218 1.00 0.00 O
ATOM 325 N ARG A 22 -6.936 -7.282 10.086 1.00 0.00 N
ATOM 326 H ARG A 22 -7.025 -8.287 10.049 1.00 0.00 H
ATOM 327 CA ARG A 22 -6.696 -6.639 11.416 1.00 0.00 C
ATOM 328 HA ARG A 22 -7.438 -5.862 11.598 1.00 0.00 H
ATOM 329 CB ARG A 22 -6.807 -7.692 12.524 1.00 0.00 C
ATOM 330 HB2 ARG A 22 -6.550 -8.671 12.120 1.00 0.00 H
ATOM 331 HB3 ARG A 22 -6.120 -7.441 13.332 1.00 0.00 H
ATOM 332 CG ARG A 22 -8.240 -7.723 13.063 1.00 0.00 C
ATOM 333 HG2 ARG A 22 -8.713 -6.756 12.893 1.00 0.00 H
ATOM 334 HG3 ARG A 22 -8.805 -8.499 12.547 1.00 0.00 H
ATOM 335 CD ARG A 22 -8.217 -8.022 14.564 1.00 0.00 C
ATOM 336 HD2 ARG A 22 -9.119 -8.561 14.854 1.00 0.00 H
ATOM 337 HD3 ARG A 22 -7.341 -8.620 14.815 1.00 0.00 H
ATOM 338 NE ARG A 22 -8.158 -6.743 15.329 1.00 0.00 N
ATOM 339 HE ARG A 22 -8.988 -6.332 15.732 1.00 0.00 H
ATOM 340 CZ ARG A 22 -7.016 -6.128 15.491 1.00 0.00 C
ATOM 341 NH1 ARG A 22 -6.188 -6.521 16.424 1.00 0.00 N
ATOM 342 HH11 ARG A 22 -6.434 -7.300 17.018 1.00 0.00 H
ATOM 343 HH12 ARG A 22 -5.306 -6.044 16.546 1.00 0.00 H
ATOM 344 NH2 ARG A 22 -6.702 -5.120 14.719 1.00 0.00 N
ATOM 345 HH21 ARG A 22 -7.344 -4.820 13.999 1.00 0.00 H
ATOM 346 HH22 ARG A 22 -5.819 -4.646 14.846 1.00 0.00 H
ATOM 347 C ARG A 22 -5.306 -6.007 11.452 1.00 0.00 C
ATOM 348 O ARG A 22 -4.318 -6.622 11.089 1.00 0.00 O
ATOM 455 N GLU A 30 0.216 0.647 1.570 1.00 0.00 N
ATOM 456 H GLU A 30 0.002 1.621 1.410 1.00 0.00 H
ATOM 457 CA GLU A 30 1.496 0.100 1.013 1.00 0.00 C
ATOM 458 HA GLU A 30 1.290 -0.703 0.306 1.00 0.00 H
ATOM 459 CB GLU A 30 2.249 1.219 0.279 1.00 0.00 C
ATOM 460 HB2 GLU A 30 3.150 0.805 -0.175 1.00 0.00 H
ATOM 461 HB3 GLU A 30 1.607 1.630 -0.500 1.00 0.00 H
ATOM 462 CG GLU A 30 2.637 2.332 1.263 1.00 0.00 C
ATOM 463 HG2 GLU A 30 2.291 3.289 0.873 1.00 0.00 H
ATOM 464 HG3 GLU A 30 2.168 2.142 2.229 1.00 0.00 H
ATOM 465 CD GLU A 30 4.161 2.371 1.434 1.00 0.00 C
ATOM 466 OE1 GLU A 30 4.688 1.508 2.119 1.00 0.00 O
ATOM 467 OE2 GLU A 30 4.775 3.266 0.880 1.00 0.00 O
ATOM 468 C GLU A 30 2.386 -0.462 2.135 1.00 0.00 C
ATOM 469 O GLU A 30 3.200 -1.339 1.902 1.00 0.00 O
ATOM 531 N ASP A 35 7.481 -7.299 1.571 1.00 0.00 N
ATOM 532 H ASP A 35 7.740 -7.895 2.344 1.00 0.00 H
ATOM 533 CA ASP A 35 8.572 -6.743 0.705 1.00 0.00 C
ATOM 534 HA ASP A 35 8.707 -5.680 0.905 1.00 0.00 H
ATOM 535 CB ASP A 35 9.887 -7.469 1.005 1.00 0.00 C
ATOM 536 HB2 ASP A 35 9.778 -8.046 1.923 1.00 0.00 H
ATOM 537 HB3 ASP A 35 10.128 -8.141 0.181 1.00 0.00 H
ATOM 538 CG ASP A 35 11.015 -6.445 1.176 1.00 0.00 C
ATOM 539 OD1 ASP A 35 11.445 -5.890 0.176 1.00 0.00 O
ATOM 540 OD2 ASP A 35 11.432 -6.235 2.304 1.00 0.00 O
ATOM 541 C ASP A 35 8.219 -6.927 -0.777 1.00 0.00 C
ATOM 542 O ASP A 35 8.435 -6.041 -1.584 1.00 0.00 O
如上标红原子为碱性氨基酸侧链带正电的氮原子集团以及酸性氨基酸侧链带负电荷的氧原子集团。这些带不同电荷的集团之间会形成盐键（盐桥或者离子键）其他一些弱电离的侧链集团也可以形成较弱的盐键，但这种盐键在动力学模拟中的持续性不强，因此没有统计。
一、获取Asp(OD2原子)/Glu(OE2原子)与Lys(NZ原子)/Arg(NH1原子)的坐标
f1 = open("/home/lxh/Documents/Lysin/PDB_Thermal_stable/PDB_A_chain/已跑/4/1V.pdb","r") base = [] acid = [] for a in f1.readlines(): b = a.split() if (b[0] == "ATOM"): if(b[3] == "LYS"): if (b[2] == "NZ"): base.append((b[6],b[7],b[8])) elif (b[3] == "ARG"): if (b[2] == "NH1"): base.append((b[6],b[7],b[8])) elif (b[3] == "GLU"): if (b[2] == "OE2"): acid.append((b[6],b[7],b[8])) elif (b[3] == "ASP"): if (b[2] == "OD2"): acid.append((b[6],b[7],b[8])) f1.close()二、计算pdb中Asp/Glu与Lys/Arg的盐键距离和数量
i = 0 dis1 = [] for a in base: for b in acid: dis = ((float(a[0]) - float(b[0])) 2 + (float(a[1]) - float(b[1])) 2 + (float(a[2]) - float(b[2])) 2) 0.5 dis1.append(dis) if dis <= 6: print(dis) i += 1
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