曙光超算服务器上安装openmc并行版

编程基础 • 2024-12-17 23:17 • 阅读 24

基于服务器个人新账户开始安装，具体命令解释请参考官网2. 安装和配置 — OpenMC 文档：

安装anaconda

1、在官网找到对应安装包下载，拉到服务器上，解压，改环境变量即可

2、依次运行以下命令

conda config --add channels conda-forge conda create -n openmc-env conda activate openmc-env conda install mamba mamba search openmc mamba install openmc

安装parallel hdf5

1、在官网找到hdf5安装包，下载，拉到服务器上，解压

2、依次运行以下命令

./configure --prefix=xxx/hdf5 --enable-parallel make -j && make install

3、配置环境变量，ps：博主装的1.12.0

vim ~/.bashrc export PATH=$PATH:xxxx/hdf5/hdf5-1.12.0/ export PATH=$PATH:xxxx/hdf5/hdf5-1.12.0/bin/ export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:xxxx/hdf5/hdf5-1.12.0/hdf5/lib export HDF_ROOT=xxxxx/hdf5/hdf5-1.12.0/

安装openmc并行版

1、拉取源码，后续安装请参考博主另一篇文章Ubuntu虚拟机安装openmc-CSDN博客

git clone --recurse-submodules http://github.com/mit_crpg/openmc.git

2、切换到build文件夹，执行：

 cmake -DHDF5_PREFER_PARALLEL=on -DOPENMC_USE_MPI=on ../

3、退出conda环境，执行：make -j

4、装库，参考步骤1内的文章

超算命令参考

1、曙光超算：slurm调度系统 · 计算服务 (hpccube.com)

2、slurm相关命令汇总：Slurm作业调度系统使用指南 (ustc.edu.cn)

2024.07.09更新

2024.06.22openmc团队发布了v0.15.0，我用gcc7.3.1-编译不能成功，找到原因是程序代码里模板嵌套多层导致的编译器崩溃。升级编译器版本应该可以解决，但是对于服务器上的编译器更新来说似乎并不容易，这里我还是装回了v0.14.0，遇到些许问题，记录于此。

1、删除anaconda的时候，注意删除其配置的隐藏文件，如.conda,.condarc。防止污染环境

2、openmc并行版不需要anaconda也可以安装，但需要确保环境里没有anaconda的影响

3、切换其他稳定分支

#查看所有tag git tag #切换到v0.14.0 git checkout tags/v0.14.0

4、编译math_functions.cpp.o文件报错

找到此文件的此行代码

修改成如下，解释：complex构造函数第一个参数是实部，第二个参数是虚部

return -2.0 *z * faddeeva(z)+ std::complex<double>(0,2.0 / SORT PI);

通过

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