根据pubmed给我推送的前19条 IF>20 "Proteomics" 相关文献记录，我将它们按照“期刊-题目-主要内容”格式整理，并分为大数据、机制研究和其他三类：《图代码-微信公众号-持续跟进高分组学文献》

数据分析

1. • 通过定量质谱基础的磷酸化蛋白质组学分析，研究了稻瘟病菌的感染相关发育，揭示了在植物感染过程中磷酸化信号级联的重大重构。
   Cell-The phosphorylation landscape of infection-related development by the rice blast fungus-主要内容
2. • 使用组合肽阵列分析了所有人类酪氨酸激酶的底物序列特异性，揭示了酪氨酸激酶的功能性组织。
   Nature-The intrinsic substrate specificity of the human tyrosine kinome-主要内容
3. • 开发了“DrugMap”，一个跨越416个癌细胞系的半胱氨酸配体性图谱，发现不同肿瘤细胞系中半胱氨酸配体性的变化。
   Cell-DrugMap: A quantitative pan-cancer analysis of cysteine ligandability-主要内容
4. • 结合空间转录组学、空间蛋白质组学和计算方法定义了胶质母细胞瘤的细胞状态，并揭示了它们的组织结构。
   Cell-Integrative spatial analysis reveals a multi-layered organization of glioblastoma-主要内容
5. • 通过整合RNA-seq、scRNA-seq和蛋白质组学数据，研究人员鉴定了375个候选骨动蛋白及其对衰老和机械动态的响应变化。
   Cell Metab-An integrated multi-omics analysis reveals osteokines involved in global regulation-主要内容

机制研究

1. • 研究发现间歇性禁食（IF）5:2方案可以预防和改善非酒精性脂肪性肝炎（NASH）和纤维化，并抑制NASH向肝细胞癌（HCC）的转变。
   Cell Metab-A 5:2 intermittent fasting regimen ameliorates NASH and fibrosis and blunts HCC development via hepatic PPARα and PCK1-主要内容
2. • 研究了支气管扩张症急性加重的炎症和微生物特征，发现加重事件表现出深刻的分子异质性。
   Am J Respir Crit Care Med-Endotypes of Exacerbation in Bronchiectasis: An Observational Cohort Study-主要内容
3. • 介绍了一种名为decryptE的蛋白质组学方法，用于测量药物诱导的蛋白质表达变化的全剂量反应特性。
   Nat Biotechnol-Decrypting the molecular basis of cellular drug phenotypes by dose-resolved expression proteomics-主要内容
4. • 使用单细胞RNA测序和共检测索引（CODEX）技术，对人类骨髓微环境的细胞地理学进行了空间分析。
   Cell-Mapping the cellular biogeography of human bone marrow niches using single-cell transcriptomics and proteomic imaging-主要内容
5. • 描述了WRN解旋酶的共价变构抑制剂VVD-的化学蛋白质组学驱动发现，该化合物在MSI-H细胞中导致广泛的双链DNA断裂和细胞死亡。
   Nature-Chemoproteomic discovery of a covalent allosteric inhibitor of WRN helicase-主要内容
6. • 发现AARS1作为一个乳酸盐感应器，介导肿瘤细胞中全局赖氨酸乳酸化，并且AARS1的表达和p53的乳酸化与携带野生型p53的癌症患者预后不良相关。
   Cell-Alanyl-tRNA synthetase, AARS1, is a lactate sensor and lactyltransferase that lactylates p53 and contributes to tumorigenesis-主要内容
7. • 研究发现，代谢功能障碍相关性脂肪肝病（MAFLD）中，肝脏转酮酶（TKT）的高表达通过限制肌苷诱导的线粒体活性来促进MAFLD的发展。
   Cell Metab-Transketolase promotes MAFLD by limiting inosine-induced mitochondrial activity-主要内容
8. • 研究旨在探索CTNNB1突变型肝细胞癌（HCC）介导的免疫逃逸机制，并提出一种新的治疗策略，以增强HCC中抗PD-1的疗效。
   Gut-Targeting MMP9 in CTNNB1 mutant hepatocellular carcinoma restores CD8(+) T cell-mediated antitumour immunity and improves anti-PD-1 efficacy-主要内容

其他

1. • 文章讨论了一种强大的纳米孔DNA测序方法，该方法也被用于蛋白质测序。
   Nature-Powerful 'nanopore' DNA sequencing method tackles proteins too-主要内容
2. • 综述了当前和新兴的空间转录组学方法，它们在健康和疾病中的应用以及该领域面临的挑战。
   Nat Rev Nephrol-Spatial transcriptomics in health and disease-主要内容
3. • 讨论了AI蛋白质预测器Alphafold 3.0的升级。
   Nature-Alphafold 3.0: the AI protein predictor gets an upgrade-主要内容
4. • 展示了通过替换T细胞中异二聚体细胞因子受体的细胞外域为两个亮氨酸拉链基序，可以提供最佳的JAK/STAT信号传导，增强了CAR T细胞在体外的效应功能，并在小鼠人类肿瘤异种移植物中增强了抗肿瘤活性。
   Nat Biomed Eng-Modular chimeric cytokine receptors with leucine zippers enhance the antitumour activity of CAR T cells via JAK/STAT signalling-主要内容