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tpami全称(tpoab全称)iNature 乙酰辅酶 a 羧化酶 ACCase 催化了新脂肪酸合成 FAS 的第一步和限速步骤 尽管这一步骤受到严格调控 但特异性控制 ACCase 基因转录的调控因子仍然难以捉摸 2024 年 10 月 30 日 浙江大学 高海春 美国莱斯大学 Yizhi J Tao 共同通讯 在 Nucleic Acids Research nbsp 在线发表题为 A bacterial transcriptio activator dedicated to the expression of the




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乙酰辅酶a羧化酶(ACCase)催化了新脂肪酸合成(FAS)的第一步和限速步骤。尽管这一步骤受到严格调控,但特异性控制ACCase基因转录的调控因子仍然难以捉摸。

2024年10月30日,浙江大学高海春,美国莱斯大学Yizhi J Tao共同通讯Nucleic Acids Research 在线发表题为A bacterial transcription activator dedicated to the expression of the enzyme catalyzing the first committed step in fatty acid biosynthesis的研究论文,该研究数据证实了ACCases的专用转录调控因子的存在,扩展了目前对FAS调控的理解。

研究确定了lysr型转录调节因子AccR是一个专门的accS转录激活因子,accS是一个编码Shewanella oneidensis多结构域ACCase的基因。研究发现,AccR与accS启动子在体内响应乙酰辅酶a水平的变化,并在体外相互作用。AccR的效应结合域(EBD)晶体结构分析发现了两个潜在的配体结合口袋,根据分子对接、直接结合实验和预测与乙酰辅酶a相互作用残基的突变分析结果,其中一个可能结合乙酰辅酶a作为配体。尽管如此,AccR和乙酰辅酶a之间的相互作用似乎不稳定,这意味着AccR的激活需要一个额外的未知配体。此外,研究发现AccR是乙酰化的,但这种修饰可能不是检测乙酰辅酶a的关键。

从头脂肪酸合成(FAS)是生物体所有领域中最基本的生化过程之一。这种生物合成的第一步是乙酰辅酶A的羧化,产生丙二酰辅酶A,丙二酰CoA由乙酰辅酶A羧化酶(ACCase)催化。在大多数细菌中,ACC酶已被很好地表征为多亚基酶,而不是真核生物中发现的具有多个功能结构域的单个多肽。尽管存在这种差异,但原核生物和真核生物的ACC酶都含有三个基本功能单位:生物素羧化酶(BC)的同二聚体、生物素羧基载体蛋白(BCCP)和羧基转移酶(CT)的异四聚体α2β2。BC催化前半反应,即与BCCP共价连接的生物素的ATP依赖性羧化。下半反应由CT催化,CT将羧基从羧基生物素转移到乙酰辅酶A,产生丙二酰辅酶A。

与其他关键代谢酶类似,细菌和真核ACC酶都被发现受到下游代谢物的反馈抑制,包括棕榈酰辅酶A和酰化酰基载体蛋白。然而,尽管转录是代谢酶表达的最决定性的调控步骤,但目前对acc基因的转录如何响应代谢变化知之甚少。在大肠杆菌中,编码BC(AccC)和BCCP(AccB)的基因形成一个单一的操纵子,但编码CT-α(AccA)和CT-β(AccD)亚基的基因分别位于染色体的其他地方。然而,在其他细菌中观察到了几种不同的基因组织,一个不寻常的例子是编码多结构域ACC酶的γ-变形杆菌Shewanella oneidensis的accS。有趣的是,这种ACCase在结构域的顺序上明显不同于其真核对应物。

图形摘要(图源自Nucleic Acids Research

鉴于整个反应涉及两个单独的半反应,acc基因的表达在大肠杆菌中是协调的也就不足为奇了。尽管缺乏DNA结合基序,但AccB已被提出作为accBC操纵子转录的自动调节因子。CT亚基还具有额外的调节作用,因为CT与accA和accD转录物的复合抑制了这些mRNA的翻译并降低了CT活性,尽管这一概念最近受到了挑战。在类似的情况下,全球调节因子FadR(脂肪酸降解调节因子)被认为在调节大肠杆菌ACC酶的所有三个操纵子中起着直接作用,尽管FadR和accA启动子之间的体外结合尚未得到证实。唯一确认的与一些但不是全部acc操纵子的启动子区域相互作用的转录调控因子来自TetR家族,包括谷氨酸棒杆菌的FasR和阿维链霉菌的SAV5279。然而,由于这两种调节因子通过对各种酰基辅酶a分子作出反应来抑制大量基因,它们似乎以一般方式协调短链酰基辅酶a稳态。

研究描述了在S. oneidensis中发现的LysR型转录调节因子(LTTR)AccR(ACC酶调节因子),它直接和特异性地激活accS基因的转录,使其成为典型的LTTR。研究发现accR的缺失或过表达会损害生长。效应器结合结构域(EBD)的结构表明AccR具有相对较大的效应器结合口袋。多条证据表明乙酰辅酶A是效应物之一。这些线路包括乙酰辅酶A响应性调节、通过等温量热法(ITC)和微尺度热泳(MST)测量揭示的乙酰辅酶A和AccR在体外的直接相互作用,以及通过分子动力学(MD)模拟的计算机模拟。尽管乙酰化发生在AccR的多个残基上,但这种修饰对于检测乙酰辅酶A来说是不必要的。鉴于LTTR是原核生物中最大的转录因子家族之一,研究发现强调了特异性控制ACC酶表达的转录调节因子的存在。


参考消息:

https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkae960/7850958

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