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2025年docker安装Lefse和分析流程[通俗易懂]

编程汇总 • • 阅读 39

docker安装Lefse和分析流程[通俗易懂]linux 通过 docker 安装 lefse 默认你已经安装好 docker 下载 lefse 镜像文件 docker run it biobakery lefse bash 启动 docker 的 lefse 镜像 并且把主机文件夹挂载到镜像 这样可以在镜像中看到主机中的文件夹 下面是吧主机中的 Data 文件夹挂在到镜像 shared 文件夹需要自己建 更改 Data 权限 shared 权限也会改变

linux通过docker 安装 lefse
默认你已经安装好docker！

下载lefse镜像文件

docker run -it biobakery/lefse bash

启动docker的lefse镜像，并且把主机文件夹挂载到镜像，这样可以在镜像中看到主机中的文件夹，下面是吧主机中的Data文件夹挂在到镜像（shared文件夹需要自己建），更改 Data权限 shared 权限也会改变。

docker run -it -v /home/dock/Data:/shared biobakery/lefse /bin/bash

转化为lefse需要的格式

format_input.py hmp_aerobiosis_small.txt hmp_aerobiosis_small.in -c 1 -s 2 -u 3 -o 1000000

LDA effect size (lefse) 分析

run_lefse.py hmp_aerobiosis_small.in hmp_aerobiosis_small.res

画图

plot_res.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.png
plot_cladogram.py hmp_aerobiosis_small.res hmp_aerobiosis_small.cladogram.png --format png
编程小号
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