Augur安装与使用

Augur安装与使用

Augur&Auspice安装

参考官方技术文档安装：Augur

一、conda安装

安装命令

curl http://data.nextstrain.org/nextstrain.yml --compressed -o nextstrain.yml
conda env create -f nextstrain.yml
conda activate nextstrain
npm install --global auspice

# Optionally, if you want to use the nextstrain command
nextstrain check-setup --set-default

测试是否安装成功

condo activate nextstrain
augur -h
auspice -h
nextstrain -h
conda deactivate

更新

conda activate nextstrain

pip install --upgrade nextstrain-augur nextstrain-cli

npm update --global auspice

二、使用python进行安装（版本3.4以上）

• augur安装

python3 -m pip install nextstrain-augur

sudo apt install mafft iqtree raxml fasttree vcftools

• npm安装auspice

   npm install --global auspice
   #更新
   npm update --global auspice
  

三、使用源码安装（python安装augur，npm安装auspice）

• augur

git clone https://github.com/nextstrain/augur.git

python3 -m pip install
or
python3 -m pip install -e '.[dev]'

• auspice

  # activate the correct conda enviornment
    conda activate auspice

  # grab the GitHub auspice repo
    git clone https://github.com/nextstrain/auspice.git
    cd auspice
 # install dependencies and make `auspice` available globally
    npm install --global
 # build auspice (builds the JS client bundle using webpack)
    auspice build
 # test it works
    auspice --version

Augur的使用

参考Augur解析文档：augur parse

一、sequences&metadata预处理

1. metadata文件strain和fasta文件头要一一对应（导致filter出错
2. 注意日期格式：Y-M-D(导致refine出错
3. 注意metadata空的地方补‘？’，？号格式要注意，encoding=‘utf-8’（数据处理出错
4. 注意reference不要放在一起比对（突变统计时蛋白出错
5. 配置文件（颜色、经纬度、显示

二、运行命令

• filter（把序列和原数据不匹配的部分过滤掉）

  augur filter 
  --sequences [sequence position&name.fasta] 
  --metadata [metadata position&name.tsv] 
  --output [output file position&name]
  

• align(多序列比对，使用内置的mattf实现）

  augur align
  --sequences [filtered file position&name]
  --output[output file position&name]
  --fill-gaps(设置gap参数,默认false）
  

• tree（建树，默认使用iqtree建树）

  augur tree
  --alignment [aligned file position/name.fasta]
  --output [file position/name.nwk]
  

• refine (优化，指定净化率、置信区间、指定根…）

  augur refine
  --tree [file position/name.nwk]
  --alignment [aligned file position/name.fasta]
  --metadata [metadata position&name.tsv] 
  --output-tree  [file position/name.nwk]
  --output-node-data [file position/name.json]
  --timetree (时间树)
  --coalescent opt (时间标度，逆时针频率）
  --data-confidence (置信区间）
  --data-inference marginal 
  --clock-filter-igd 4 （时钟过滤）
  

• traits (确实数据重构,数据缺失处要补?）

  augur traits
  --tree [file position/name.nwk]
  --metadata [metadata position&name.tsv] 
  --output [file position/name.json]
  --columns [columns name...]（在这些字段上进行离散重构）
  --confidence (记住次要领导的分布）
  

• ancestral (基于树推断祖先序列）

  augur ancestral
  --tree [file position/name.nwk]
  --alignment [aligned file position/name.fasta]
  --output-node-data [file position/name.json]
  --output-sequences [file position/name.fasta]
  --inference joint
  

• translate (翻译成蛋白质序列）

  augur translate
  --tree  [file position/name.nwk]
  --ancestal-sequences [node-data file position/name.json]
  --reference-sequence [position/name.gb]
  --output [positon/name.json]
  

• export（导出适合可视化的json文件）

  augur export v2
  --tree [file position/name.nwk]
  --metadata [metadata position&name.tsv] 
  --node-data [traits.json ancestral.json translate.json]
  --color [config file]
  --aupice-config [aupice config file]
  --output [json file]
  

• 可视化
  auspice view --datasetDir [json file position]

eg:

augur filter --sequences data/sequences_beijing.fasta --metadata data/metadata.tsv --output results/filtered.fasta

augur align --sequences results2/filtered.fasta --output results2/aligned.fasta --fill-gaps

augur tree --alignment results2/aligned.fasta --output results2/tree_raw.nwk

augur refine --tree results2/tree_raw.nwk --alignment results2/aligned.fasta --metadata data2/metadata2.tsv --output-tree results2/tree.nwk --output-node-data results2/branch_lengths.json --timetree --coalescent opt --date-confidence --date-inference marginal --clock-filter-iqd 4

augur traits --tree results2/tree.nwk --metadata data2/metadata2.tsv --output results2/traits.json --columns region country --confidence

augur ancestral --tree results2/tree.nwk  --alignment results2/aligned.fasta --output-node-data results2/nt_muts.json --output-sequences results2/nt_muts.fasta  --inference joint

augur translate --tree results2/tree.nwk --ancestral-sequences results2/nt_muts.json --reference-sequence config2/NC_045512.gb --output results2/aa_muts.json

augur export v2 --tree results2/tree.nwk --metadata data2/metadata2.tsv --node-data results2/branch_lengths.json results2/traits.json results2/nt_muts.json results2/aa_muts.json --colors config2/colors.tsv --auspice-config config2/auspice_config.json --output auspice2/Beijing.json 

Auspice部署至服务器上

参考Auspice技术文档：Auspice

1. 修改hosts文件localhost ip
   #Ubuntu
   sudo vim /etc/hosts
   
   把localhost前面ip改为 局域网ip（mac同）
2. 添加localhost解析
   127.0.0.1 baidu.com
3. 重启网络
   sudo /etc/init.d/networking restart

今天的文章Augur安装与使用分享到此就结束了，感谢您的阅读。