2025年16S rRNA&rDNA测序分析

编程基础 • 2025-03-21 17:57 • 阅读 68

16S rRNA&rDNA测序分析本文档介绍了如何在 Windows 上通过 VirtualBox 进行 16SrRNA 和 rDNA 测序分析提供了详细的下载和安装指南

16SrRNA/rDNA测序分析，qiime操作，linux命令，系统发育树构建，venn图，heatmap热图，主分析RDA（Redundancyanalysis），典范对应分析CCA等R语言作图
网易云课堂上有视频讲解。

16S rRNA&rDNA测序分析
第一节-OTU概述-qiime安装

1.1 16s 测序

16SrRNA为核糖体的RNA的一个亚基，16SrDNA就是编码该亚基的基因。

16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因，长度约为1542bp，其分子大小适中，突变率小，是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。、

1.2 测序区域

由于16S rDNA较长（1.5kb），考虑到测序平台的读长限制，我们只能对可变区进行测序。16srDNA包含有9个可变区，分别是v1-v9。一般我们对v3，v3-v4和v6可变区域进行扩增和测序。可以了解环境样品(土壤、肠道、海洋)

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