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CAOLIUSHEQU

CAP3: A DNA Sequence Assembly Program
Abstract:
……

1、removal of poor end regions of reads 消除reads结束部分的低质量区域
2、computation of overlaps between reads 计算reads之间的重叠区
3、removal of false overlaps 去除错误的重叠区
4、construction of contigs  构建重叠群

Fast Identification of Pairs of Reads with an Overlap
快速识别两条reads的重叠区对
f1,f2,….输入的reads给定的方向
r1,r2,….反转的方向
该方法主要为了快速找到fx和fy(x<y)的重叠区和rx和fy(x<y)的重叠区。
注意，每对确定的reads代表了两个对称的重叠区，因为有反转互补关系。
在fx和fy reads的重叠区是对称于rx和ry reads。rx和fy的重叠区对称于fx和ry。

为了确定两个reads是否有潜在的重叠区，在两个reads间的一个重叠对齐被简化为
一条有序的片段对，在那，每个片段对对应一条无空的足够长的对齐(alignment)。
两个reads的片段对的最大得分链会被快速计算，通过类似blast技术。
如果reads包含一条链的相似得分优于截止得分，说明这对reads有潜在的重叠区。
有一种方法，应用类似blast方法来对fx和fy(x<y)和rx和fy(x<y) 寻找reads对潜在的重叠区。
尽管这种方法通过大量的比对reads可能没有重叠区。以下，我们将描述更有效的一种方法。

把所有的reads序列f1,f2…串联起来，在每个read边界位置插入一个特殊的字符。结果的序列被称
为结合序列。之后，将执行下面的程序，为每个read fx找到fx和fy(x<y)的一个潜在重叠区，
为read rx找到rx和fy(x<y)的一个潜在重叠区。设置当前的read g为fx或rx。在read g和结合序列之间
计算出高分的片段对链。特殊的边界字符用于确保链包含的片段对是来自结合序列的相同read的。
为了找到相应的read fy在结合序列中的一条链，在结合序列中每个排序的read的首尾位置列表中执行二进制搜索。
注意，在结合序列中的read g和任何read fy(x>=y)的链会被忽略。

每对reads都有一个潜在的重叠区，在滑动矩阵中对角线上最小的线
来决定覆盖reads中得分值大于cutoff的链。在这，滑动矩阵的一条对角线K
包括所有的项(i,j)，就如j-i=k(Smith and Waterman 1981).
一段pair开始于read上的位置i，和另外一条read的位置j，就称为发生在对角线j-i。
在矩阵的对角线上覆盖了一条pairs链，如果这条链中的每段pair都在带内的对角线上。
在对角线上带就用于一对reads的潜在重叠区，供以后高效的计算重叠区。

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