spce水模型_am工程文件怎么用[通俗易懂]

spce水模型_am工程文件怎么用[通俗易懂]TIP4P水模型在特定情况下会使用于分子动力学模拟之中,同时,本文只以TIP4P为例介绍非TIP3P水模型如何通过ambertools的leap模块构建参数文件

TIP4P水模型在特定情况下会使用于分子动力学模拟之中,同时,本文只以TIP4P为例介绍非TIP3P水模型如何通过ambertools的leap模块构建参数文件。主要参照Amber2016 Reference Manual中3.5章节Solvents所介绍,给出一个tleap.in脚本样式,如下图:

spce水模型_am工程文件怎么用[通俗易懂]

必须注意:使用leap产生的参数最好不要更换机器,实践证明,使用A机器生成参数而使用B机器进行后续运算会导致最终按照TIP3P水模型运行,轨迹以及rst文件保存的pdb中的水不包含EPW参数,如果必须更换机器请务必检查!测试amber14以上版本运行错误

今天的文章spce水模型_am工程文件怎么用[通俗易懂]分享到此就结束了,感谢您的阅读。

版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。
如需转载请保留出处:https://bianchenghao.cn/85162.html

(0)
编程小号编程小号

相关推荐

发表回复

您的电子邮箱地址不会被公开。 必填项已用 * 标注