- OTU: Operational Taxonomic Unit 操作分类单元
- OTU的提出目标是指定一个定量策略,根据观察到的特征将生物分类成组,创建一个层次分类,尽可能忠实地反映生物之间的进化关系。
- 在16S测序中,OTU通常使用97%的identity threshold。
- 16S序列的97%相似性大约相当于70%的DNA重新关联值(DNA reassociation value)
- 2014年,有研究表明最佳阈值是98.5%,2018年,最佳阈值有99%。
- 通过聚类16S序列构建的OTU:
- FastGroup使用类似于UCLUST的贪婪聚类算法
- DOTUR使用凝聚聚类
- QIIME早期使用CD-HIT作为默认的聚类方法,后来被UCLUST取代。
- OTU作为物种的working definition
- next-generation的OTU:二代测序方法高通量,但是优点是以更短的reads和更高的错误率为代价。OTU聚类方法应用于NGS读数,这些方法由于实验误差而产生许多假的OTU,导致多样性的夸大估计。
- 基于马修斯相关系数,MCC的OTU定义。它们的定义在实践中存在问题。
- 参考:OTU的定义与解读
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