一、CP2K的简单介绍:官网about [CP2K Open Source Molecular Dynamics ]
官方的话来说,CP2K可以对固态、液体、分子、周期、材料、晶体和生物系统进行原子模拟。就是能进行量子化学的计算和分子模拟,而且将会越来越流行。其最主要的理论框架就是(使用混合的高斯和平面波的方法,GPW,GAPW)。支持的理论水平包括(DFTB, LDA, GGA, MP2, RPA)这些差不多就是密度泛函里面的内容。然后还支持半经验方法(AM1, PM3, PM6, RM1, MNDO)。经典力场(AMBER, CHARRM)。对于量子化学入门-强烈推荐(南开大学-孙宏伟老师的课程,非常非常的好)。CP2K还可以做模拟分子动力学、metadynamics、蒙特卡罗、Ehrenfest dynamics、振动分析、核心能级光谱、能量最小化和使用NEB或dimer method过渡态优化使用。后续还会从各个部分写一写学习经过。
一、安装系统的选择
对于笔记本电脑学习使用CP2K,推荐ubuntu操作系统(带有图形界面的)。在这期间安装了linux各个版本的系统,尝试编译CP2K都不是很顺利。最后,选择了清华大学镜像ubuntu22.04 LTS, 这个版本长期支持,比较稳定,还有一个最新的版本,用得不是很理想。
二、编译器安装
1.看一看gcc,gfortran和g++安装了没,
gcc --version
g++ --version
gfortran --version
如何出现版本信息,说明已经安装成功,没有的话,
sudo apt install gcc
sudo apt install g++
sudo apt install gfortran
#也可以使用sudo apt install build-essential, 最后
sudo apt update
2.需要安装一个数字处理库,叫做MKL,就是安装了这个之后,CP2K就比较牛逼了。推荐一个教程,也是非常的详细的。【CP2K学习】-在Ubuntu上安装CP2K的全过程(包括gcc,gfortran,MKL等配置)_cp2k安装_electrochemjy的博客-CSDN博客
3.CP2K下载和编译
下载地址:Releases · cp2k/cp2k (github.com)
选择
下载之后解压,并把它放在主目录下。
然后进入目录,如下我们主要使用这个脚本进行编译安装:install_cp2k_toolchain.sh
编译的选项,具体可以参考这些资源。安全防护系统 (keinsci.com)
【CP2K学习】-在Ubuntu上安装CP2K的全过程(包括gcc,gfortran,MKL等配置)_cp2k安装_electrochemjy的博客-CSDN博客
最后出现这一步!!!就算完成一半了!!!
上面的操作就是,
cp /home/lqr-zmm/cp2k-2023.2/tools/toolchain/install/arch* ../../arch
#之后
source /home/lqr-zmm/cp2k-2023.2/tools/toolchain/install/setup
#最后
cd /home/lqr-zmm/cp2k-2023.2
make -j 8 ARCH=local VERSION="ssmp sdbg psmp pdbg"
在这过程中,主要遇到一个问题。“/usr/bin/ld: -lz : 找不到文件或者目录”!!
然后也是在,网上搜到答案的!!!
所以有bug还是可以找!!!
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