LEfSe(LDA Effect Size)分析,可以用于两个或多个分组之间的比较,从而找到组间 有显著性差异的物种(即 biomarker),分析步骤主要分为三步:
Step1:利用 Kruskal-Wallis 秩和检验检测所有的特征物种,通过检测不同组间的物种丰 度差异,获得显著性差异物种。
Step2:再利用 Wilcoxon 秩和检验检测上步获得的显著性差异物种的所有亚种是否都趋 同于同一分类级别。
Step3:最后用线性判别分析(LDA),得到最终的差异物种(即 biomarker)。
今天的文章lefse分析_lefse图如何看差异菌群分享到此就结束了,感谢您的阅读。
版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如发现本站有涉嫌侵权/违法违规的内容, 请发送邮件至 举报,一经查实,本站将立刻删除。
如需转载请保留出处:https://bianchenghao.cn/70744.html