文章目录
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- 〇、预备工作
- 一、下载HALFpipe[源码](https://github.com/HALFpipe/HALFpipe#container-platform)
- 二、安装一个容器平台
- 三、 下载 `HALFpipe`
- 四、 运行容器
- 五、总结
〇、预备工作
1、 删除 GO
1、 直接用go
命令判断当前是否安装了go
$ go
2、如果没有安装 go
可直接下一步
3、如果安装了go
,可以考虑删除。
1、使用 go env
命令,找到 GOROOT、 GOPATH
环境变量
2、然后删除两个变量后面的目录。便捷命令:
go=`go env GOROOT` && \
rm -rf $go
一、下载HALFpipe源码
后面好像没用到
二、安装一个容器平台
根据
HALFpipe
官方文档,可以安装Singularity
或Docker
都可以,这里以安装 Singularity3.x为例 。上面链接直达官方安装文档。
1、 首先安装必要的依赖
对了,我所使用的操作系统是Ubuntu, 也是官方教程中使用的操作系统
$ sudo apt-get update && sudo apt-get install -y \
build-essential \
libssl-dev \
uuid-dev \
libgpgme11-dev \
squashfs-tools \
libseccomp-dev \
wget \
pkg-config \
git \
cryptsetup
2、 安装GO
根据官方文档说法, SingularityCE v3 及更高版本是用Go语言编写。后面的编译源码肯定是要用到GO的。
1、 方法一:通过访问官网去下载,然后解压到 /usr/local/go/
https://go.dev/dl/go1.17.5.linux-amd64.tar.gz
2、 方法二:去官网查找自己想要的版本,然后替换下面的 VERSION 变量的值,并执行下面命令。
# Replace the values as needed
export VERSION=1.17.5 OS=linux ARCH=amd64
# Downloads the required Go package
wget https://dl.google.com/go/go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz
# Extracts the archive
sudo tar -C /usr/local -xzvf go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz
# Deletes the ``tar`` file
rm go$VERSION.$OS-$ARCH.tar.gz
3、 安装完成后,需要将GO的路径添加到环境变量
# Set the Environment variable PATH to point to Go
echo 'export PATH=/usr/local/go/bin:$PATH' >> ~/.bashrc && \
source ~/.bashrc
3、下载 SingularityCE
1、 这里同样需要访问 GitHub发布页面 确定要安装的版本,可以通过下面的命令进行安装。
# adjust this as necessary \
export VERSION=3.9.2
# download and install
wget https://github.com/sylabs/singularity/releases/download/v${VERSION}/singularity-ce-${VERSION}.tar.gz && \
tar -xzf singularity-ce-${VERSION}.tar.gz && \
cd singularity-ce-${VERSION}
4、 编译 SingularityCE 源码
./mconfig && \
make -C builddir && \
sudo make -C builddir install
1、 执行 ./mconfig
的结果图
2、 执行 make -C build
的结果图 。这个命令执行时间比较长,我等了好长一会才执行完。
3、 执行 安装命令结果图 注意使用root身份执行
4、 安装成功验证
$ singularity help
三、 下载 HALFpipe
1、 根据官方文档和所安装的容器版本,下载对应的HALFpipe
容器平台 | 版本 | 下载地址/方式 |
---|---|---|
Singularity | 3.x | https://download.fmri.science/singularity/halfpipe-halfpipe-latest.sif |
Singularity | 2.x | https://download.fmri.science/singularity/halfpipe-halfpipe-latest.simg |
Docker | docker pull halfpipe/halfpipe:latest |
四、 运行容器
1、 首先确定上一步下载的文件的位置,然后执行下面的命令。需要替换halfpipe-halfpipe-latest.simg
为Singularity
下载容器的实际路径和文件名
容器平台 | 命令 |
---|---|
Singularity | singularity run --containall --bind /:/ext halfpipe-halfpipe-latest.sif |
Docker | docker run --interactive --tty --volume /:/ext halfpipe/halfpipe |
2、运行成功界面,详细操作请参考官方文档。
五、总结
1、总体来说,安装过程中没有出现什么大问题,因为是在虚拟机上安装的,最后下载 HALFpipe 后虚拟机内存不够了,也没有下载数据进行分析。
2、之前安装在编译 Singularity 时出现了Go 版本过低的问题,这次安装都是安装的最新版本,并没有出现这个问题,现在回想,可能是系统原本有 Go。所以在安装 GO 之前一定要将原来的 GO 卸载干净。
今天的文章记录安装过程_怎样查看手机安装记录分享到此就结束了,感谢您的阅读。
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