linux下查看gaussian结构,察看Gaussian全部IOp的方法[通俗易懂]

察看Gaussian全部IOp的方法

文/Sobereva@北京科音  Last update: 2010-Jul-22

虽然高斯网站上提供了IOp列表，网上也有相应的pdf版IOp查询手册，但是很多IOp在那里面都没有，甚至是常用的，比如6/7就没有，只能网上搜索。实际上这些IOp所代表的意思在link程序的.F源代码头部都有完整说明。

这里说一下在windows下查阅源代码里IOp的方便的方法

由于不知道IOp(6/7)会传递给哪个link子程序，所以不能确定iop(6/7)的注释会在哪个link源程序里面，所以先通过windows的文件内容搜索功能进行简单的筛选。

首先进入dos，进入包含.F源代码的目录，ren *.F *.txt，把源码都转换为.txt格式。

然后在包含源代码的文件夹上点右键-搜索，在左侧会看到“文件中的一个字或词组”，输入要找的IOp。

比如要找IOp(6/7)，就输入IOp(7)，然后搜索。搜索出一大堆源代码里都有对应内容，但由于6/代表的是这个设定必然传递给l6??.exe的子程序，所以只要看百位是6的子程序的源代码就行了，这里就找到一个l601，于是打开l601.txt。再搜索IOp(7)，就找到了解释：

C          These options are print/no-print options.  The

C     possible values are:

C

C     0 … DEFAULT.

C     1 … PRINT THE NORMAL AMOUNT.

C     2 … DO NOT PRINT.

C     3 … PRINT VERBOSELY.

C

C     IOp(6) … DISTANCE MATRIX.  DEFAULT:  NO-PRINT.

C

C     IOp(7) … MOLECULAR ORBITAL COEFFICIENTS.  DEFAULT:  PRINT.      <

C

C     IOp(8) … DENSITY MATRIX.  DEFAULT:  NO-PRINT.

C

C     IOp(9) … FULL POPULATION ANALYSIS.  DEFAULT:  PRINT.

C

C     IOp(10) … Gross orbital charges.  Default:  Print.

C

C     IOp(11) … GROSS ORBITAL TYPE CHARGES.  DEFAULT:  NO-PRINT.

C

C     IOp(12) … CONDENSED TO ATOMS.  DEFAULT:  PRINT.

要重视高斯源代码里的注释，很多高斯输出的内容很抽象，但是注释里面往往有解释。

在一些linux的高斯版本中，会看到很多.hlp文件，实际上这些文件的内容就是对应的.F文件开头注释部分当中的IOp说明部分。我们可以将之拷到windows中，用上述同样方法改扩展名并搜索。若在Linux下，我们要找IOp(6/7)就直接用命令grep IOp(7) *.hlp就行了，会看到l601.hlp里面有它的说明。

Linux版本高斯还带有一个ghelp辅助程序，可以分级查看高斯程序各种模块、选项的含义，用法是ghelp [条目] [子条目] [子条目中的子条目] …。直接运行ghelp会显示有哪些主条目，例如在其中看到有ov6(即Overlap 6)一类，继续运行ghelp ov6，就会显示ov6的相关信息和它的子条目，并会看到子条目里有比如IOp(7)。再运行ghelp ov6 “IOp(7)”(注意要有双引号，否则括号将被系统解析)，显示的就正是IOp(6/7)代表的意义，和上面从.hlp文件中看到的一样，实际上ghelp显示的正是.hlp文件中相应的内容。